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Statistiquement, sur le grand nombre de locus d’un individu, la consanguinité correspond en gros au pourcentage de ses locus contenant des gènes identiques. | Statistiquement, sur le grand nombre de locus d’un individu, la consanguinité correspond en gros au pourcentage de ses locus contenant des gènes identiques. | ||
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Latest revision as of 12:39, 31 May 2016
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Cet article explique comment sont calculées les notions de consanguinité et de parenté dans GeneWeb. Les algorithmes de consanguinité et de parenté ont été écrits par Didier Rémy, directeur de recherche à l’INRIA. Merci à lui.
Consanguinité et parenté
Le génome d’un individu est constitué d’un grand nombre de gènes qui, si l’on ignore les mutations, se reproduisent de façon identique. Les gènes peuvent servir à mesurer l’identité d’une personne.
Les gènes sont disposés à des emplacements précis appelés locus. Chaque individu possède pour chaque locus deux gènes, l’un transmis par sa mère, l’autre par son père, et transmet à ses enfants une copie de l’un de ses gènes.
La consanguinité d’un individu x est la probabilité cg(x) de trouver à un locus donné deux gènes identiques.
La parenté de deux individus x et y est la probabilité pr(x,y) de trouver à un même locus deux gènes identiques.
Calculs
Un calcul de probabilité montre que :
- la consanguinité cg(x) est égale à la parenté pr(px,mx) des parents px et mx de x ;
- si x..a..y est un lien de parenté minimal entre x et y (c’est-à-dire tel que les branches x..a et a..y n’ont que a comme personne commune), alors il contribue à la parenté de x et y d’un facteur où n est la longueur (distance x..a + distance a..y) du lien de parenté x..a..y.
La parenté de x et y est la somme des contributions de tous leurs liens de parenté minimaux.
GeneWeb
Si le paramètre show_consang=
dans le fichier .gwf
le demande, GeneWeb affiche la consanguinité et la parenté sous forme d’un pourcentage.
Statistiquement, sur le grand nombre de locus d’un individu, la consanguinité correspond en gros au pourcentage de ses locus contenant des gènes identiques.
La consanguinité des individus de vos bases est calculée avec la commande consang
, par exemple sur la base grimaldi
:
consang grimaldi
Cette fonction est également disponible dans gwsetup.
Références
- Albert Jacquard, Structures Génétiques des Populations, Masson & Cie, 1970.
Liens externes
Manuel GeneWeb
- Télécharger et installer GeneWeb sous GNU/Linux, Mac OS X, Microsoft Windows, FreeBSD ou en mode CGI derrière un serveur web.
- Comprendre le principe du serveur GeneWeb, les homonymes, la consanguinité.
Utiliser et gérer une base généalogique
- Importer un fichier Gedcom
.ged
ou GeneWeb.gw
avec gwsetup ou en lignes de commandes. - Mettre à jour les données (ajouter/modifier/supprimer personnes et familles), fusionner les doublons, saisir des dates.
- Utiliser la syntaxe wikitext, les macros, les raccourcis claviers.
- Nettoyer, restaurer, renommer, sauvegarder, archiver une base.
- Fusionner plusieurs bases et diviser une base.
Annexe technique
- Personnaliser avec CSS, entête et pieds de page, templates, lexique et déclinaisons.
- Fichier de configuration
.gwf
(pour templm), mots de passe pour amis et magiciens et restrictions d'accès à une base. - Ajouter une image dans les notes.
- Autres commentaires pour les experts.