Consanguinité et parenté

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Cet article explique comment sont calculées les notions de consanguinité et de parenté dans GeneWeb. Les algorithmes de consanguinité et de parenté ont été écrits par Didier Rémy, directeur de recherche à l’INRIA. Merci à lui.

Consanguinité et parenté

Le génome d’un individu est constitué d’un grand nombre de gènes qui, si l’on ignore les mutations, se reproduisent de façon identique. Les gènes peuvent servir à mesurer l’identité d’une personne.

Les gènes sont disposés à des emplacements précis appelés locus. Chaque individu possède pour chaque locus deux gènes, l’un transmis par sa mère, l’autre par son père, et transmet à ses enfants une copie de l’un de ses gènes.

La consanguinité d’un individu x est la probabilité cg(x) de trouver à un locus donné deux gènes identiques.

La parenté de deux individus x et y est la probabilité pr(x,y) de trouver à un même locus deux gènes identiques.

Calculs

Un calcul de probabilité montre que :

  • la consanguinité cg(x) est égale à la parenté pr(px,mx) des parents px et mx de x ;
  • si x..a..y est un lien de parenté minimal entre x et y (c’est-à-dire tel que les branches x..a et a..y n’ont que a comme personne commune), alors il contribue à la parenté de x et y d’un facteur Facteur consang.pngn est la longueur (distance x..a + distance a..y) du lien de parenté x..a..y.

La parenté de x et y est la somme des contributions de tous leurs liens de parenté minimaux.

GeneWeb

Si le paramètre show_consang= dans le fichier .gwf le demande, GeneWeb affiche la consanguinité et la parenté sous forme d’un pourcentage.

Statistiquement, sur le grand nombre de locus d’un individu, la consanguinité correspond en gros au pourcentage de ses locus contenant des gènes identiques.

La consanguinité des individus de vos bases est calculée avec la commande consang, par exemple sur la base grimaldi :

consang grimaldi

Cette fonction est également disponible dans gwsetup.

Références

  • Albert Jacquard, Structures Génétiques des Populations, Masson & Cie, 1970.

Liens externes


Manuel GeneWeb

Rembrandt Old Man Reading a Book.jpg

Utiliser et gérer une base généalogique

Annexe technique